万方数据库本科论文查重的方法有很多种，比较常用的包括利用万方数据库的查重工具进行查重、使用万方数据库的相似度比对功能、通过万方数据库的文献检测系统等。其中，利用万方数据库的查重工具进行查重是比较简单直接的方法，只需要将论文上传到系统中即可自动检测出相似度。另外，使用万方数据库的相似度比对功能可以更加精准地找出论文中可能存在的抄袭部分。通过万方数据库的文献检测系统也可以帮助查重，确保论文的原创性。

除了以上提到的方法，还可以采用手动对比的方式进行查重。这种方法虽然比较繁琐，但可以更全面地检测论文的相似度。此外，也可以结合其他查重工具和软件，如Turnitin、iThenticate等，进行多角度的查重分析，提高查重的准确性。无论采用何种方法，都应该注重保护学术诚信，确保论文的原创性和学术水平。