要使用万方本科版进行论文查重，首先需要登录账号并上传待检测的论文，系统会自动进行查重分析。在查重结果中，重复率越低越好，建议对高重复率部分进行修改。同时，注意保留文献引用和注释部分，避免被误判为抄袭。

另外，在使用万方本科版进行论文查重时，还要注意保护个人隐私信息，避免将论文内容泄露给他人。此外，定期更新软件版本，以确保使用的是最新的查重算法，提高查重的准确性。