进行论文修改前后的万方查重对比，首先需要保存修改前的原始论文和修改后的最终稿件。然后，登录万方数据库，在相应位置上传原始论文和最终稿件，进行查重比对。对比结果会显示两篇论文的相似度和重复率，进而评估修改效果的显著性。

在进行论文修改前后的万方查重对比时，应注意保留原始文档的格式和内容不要发生改变，以确保对比结果的准确性。另外，及时保存对比结果并进行分析，从而发现修改前后的差异和改进空间，为提升论文质量提供参考。